מקצוע האזרחות נהפך לכר פורה לוויכוחים קשים על רקע אידיאולוגי. בשנת 2009 פרסם המכון לאסטרטגיה ציונית נייר עמדה אשר טען להטיה אידיאולוגית עמוקה הקיימת במקצוע האזרחות בארץ. נייר העמדה חולל סערה והביא לניסיונות ממושכים מצד שר החינוך דאז, גדעון סער, לטפל בסוגיה; אלא שניסיונות אלה נתקלו במאבק נגדי של אנשי תקשורת וגופי חינוך מהשמאל. הטלטלה שעברה המערכת כוללת אירועים כגון פיטוריהם של שני מפקחים מרכזיים (מפמ"רים) של המקצוע; פסילת ספר לימוד; שלוש עתירות שנידונו בבג"ץ ; דיונים בכנסת; התארגנויות מורים ואנשי אקדמיה בעד ונגד שינויים בהוראת המקצוע.