ספרות המחקר מעלה ספקות לגבי ההתאמה של הוראה מקוונת באופן מלא לקורסי הכשרה מסוימים של מורים. בפרט, קורסים מתודולוגיים סומנו במחקר כבלתי מתאימים להוראה מקוונת. מחקר עכשווי, לדוגמא, המערב סטודנטים להוראת שפה שנייה (L2), מראה כי מורים לעתיד שהשלימו הדרכה מתודולוגית מקוונת היו פחות בטוחים ביכולותיהם ללמד תלמידי שפה שנייה לעומת עמיתיהם שסיימו קורס הוראה זהה במסגרת של פנים אל פנים. כדי לטפל במגבלות ההוראה המקוונת, תוך שמירה על יתרונותיה, הוצע פיתוח ויישום של קורס מתודולוגי מעורב (Kissau, Scott; Algozzine, Bob, 2015).