אחת השאלות המרכזיות בהכשרת מורים כיום היא מה יוצר תוכנית הכשרה אפקטיבית להכשרת מורים ללמד תלמידים במאה ה-21? אחת התשובות שצצו במערכות החינוך היא מסלולי הכשרה חלופיים. דגש מועט על פדגוגיה ומתודולוגיה בתוכניות החלופיות בחנ"מ – למרות שחלק מהתוכניות החלופיות כולל קורסים והתנסויות הקשורים לפדגוגיה ולמתודולוגיה, רבות אינן כוללות היבטים אלה, ומדגישות בעיקר ידע תוכן. אין ספק שידע תוכן חיוני ביותר בהוראה יעילה ואיכותית, והוא חשוב מאוד למורי החינוך המיוחד(עמידה בסטנדרטים לקבלת רישוי, ביסוס מעמד מקצועי, שיתוף פעולה עם מורים אחרים). הבעיה היא הפחתת הערך של קורסים בפדגוגיה ושל התנסויות המקשרות את ידע התוכן לתלמידים. במחקר נמצא כי חונכות בתוכניות החלופיות בחנ"מ נמצאה כגורם בעל השפעה מובהקת על יעילות התוכניות. גם לעבודה עם מדריך פדגוגי ממוסד ההכשרה יש חשיבות בהקשר זה ( Quigney, T.A).