בבית הספר הניסויי מבואות הנגב מטמיעים מזה מספר שנים, בתנועות חתירה מאומצות, "פדגוגיה אחרת". הייחודיות של בית הספר מצויה בשילוב הספציפי של שלושה מרכיבים מרכזיים : חיבור הלומד לעצמו ולסביבתו, הגדרת המכוונות ללמידה איכותית כציר מרכזי באינטראקציה הבית ספרית, ושינוי בתפקיד המורה. השפה הבית ספרית היא מה שמחבר את כל חוטי השתי והערב למארג בית ספרי ייחודי. בבית הספר מבואות הנגב שומעים "אותנטית". בית ספר הניסויי מבואות הנגב שינה הגדרות של מערכת למידה והקצאת שעות מקצועות השונים, הנהוגות ברב בתי הספר כיום, במטרה ליישם פדגוגיה הנותנת חווית למידה טובה ומעמיקה לתלמיד, ומשמעות מרעננת ומחזקת לעבודת המורה. בית הספר מחבר את התלמיד לעצמו ולסביבתו מהמעגל הקרוב ביותר (אני, משפחתי, היישוב שלי) ועד למעגל הרחב ביותר (אזור, מדינה ועולם). חיבור התלמיד למעגלי השייכות השונים שלו בא לידי ביטוי בלמידה ובדיונים ערכיים המובילים לפעילות ולעשייה של ממש. אחת החוליות המשמעותיות בחיבור שיוצר בית הספר אצל התלמיד לעצמו ולסביבתו היא הלמידה החוץ כיתתית והחוץ בית ספרית (הסיורים היומיים, טיולים שנתיים ועוד..) בהם טמון פוטנציאל פדגוגי-חינוכי ברור. בית הספר הגדיר את המכוונות ללמידה כציר מרכזי לכלל האינטראקציות שהוא מזמן ומקיים בבית הספר ( נעמי כהן לה-גנק ).