תכנית ההתמחות בניהול אקדמי שבמכון מופ"ת מזמנת התמודדות עם התפקיד המורכב של הכשרה לתפקידי מנהיגות והובלה. קיימות גישות שונות בנושא ההכשרה למנהיגות, והתכנית יוצאת מהנחה, כי ניתן ללמוד על מנהיגות וליישם את הלמידה הזו הלכה למעשה בעבודת המנהל-מנהיג. הקשר ההדוק בין ניהול ומנהיגות בארגונים בכלל ובארגוני חינוך בפרט הוא בסיס להכשרה, לעיון ולהתנסות. מטרת התכנית היא לחשוף את המשתתפים להיבטים המרכזיים של תורות הניהול המודרניות ולאפשר להם לבחון את תפקידם הניהולי-מנהיגותי באופן מושכל ומקצועי, כדי שיוכלו לעמוד באתגרים של הובלת סגל הוראה אקדמי-פדגוגי מתוך הכרה, מעורבות ומחויבות ( יעקב קדם, עדנה בנשלום, אתי גרובגלד, טלי בן-ישראל) .