שאלת האוטונומיה של המכללות לחינוך מלווה אותן מאז ראשית תהליך האקדמיזציה שהחל בסוף שנות השבעים של המאה הקודמת. עד אותה תקופה היו בתי המדרש להכשרת מורים מעין בתי ספר דו-שנתיים או תלת-שנתיים, שהלימודים בהם נתפסו כהכשרה מקצועית. אולם מהלך האקדמיזציה שהחל בעקבות דוח ועדת עציוני (1978) דרש להעמיד את בתי המדרש כמכללות אקדמיות. עם תחילת תהליך האקדמיזציה של בתי המדרש להכשרת מורים התעוררה שאלה משפטית בדבר מידת האוטונומיה האקדמית והתקציבית שיש לאפשר להם. במאמר זה, בחרו המחברים לבחון כיצד מכללות שונות מגדירות את ייחודן, ובסופו של דבר את תחומן האוטונומי למרות האילוצים והמגבלות שמטילים החוק והדגמים המאושרים להשכרה להוראה. המחברים בחרו לתאר שתי מכללות כדוגמאות להתמודדות עם תפיסות שונות של אוטונומיה מוסדית (עמוס הופמן ודורון נידרלנד, 2012).

פרופ' שלמה בק מציע מודל אלטרנטיבי, לפיו יש לתפוס את ההוראה כמקצוע מעשי, שבמרכזו נמצא המורה הבונה לעצמו תיאוריה שבתוכה הוא עובד. הידע שלו בנוי משלושה רכיבים, שמזינים אחד את השני: א. ידע פומבי (תיאוריה); ב. ידע מקומי – הנובע מקהילות העשייה בבית הספר בו הוא עובד.; ג. ידע אישי – הנובע מהתנסות ורפלקסיה. לדעת בק, על מנת להצמיח את המורה יש ליצור מבנה שבעיקרון הוא אקדמי – כלומר מחייב מרחק מסוים מההוראה ותפיסה שיטתית ולעבור ממצב של תואר ראשון דיסציפלינארי לתואר שני בהוראה. התואר הראשון לא צריך "להפריע" ללימודי ההוראה, ויש לנתק את השאלה מה המורה כבר יודע מלימודי הדיסציפלינה שלו לבין מה הוא צריך לדעת לצורך הוראה.

האקדמיזציה של הכשרת המורים בישראל היתה מהלך חלקי שלא מוצה במלואו. לדעת כפיר ואריאב הבעיה נעוצה בהכשרה למקצוע ההוראה, באופן בלתי תלוי בסוג המוסד שבו היא ניתנת – הפרופסיה היא זו שמתקשה לגייס סטודנטים בעלי אפיונים רצויים.השערתן היא כי הפונים להכשרה להוראה כיום נופלים בכישוריהם מאלה שפנו אליה בראשית שנות התשעים: הממצאים מראים כי פרופיל המועמדים להוראה מבחינת משתני הכניסה המצביעים על יכולת אקדמית לא השתפר ורובם עדיין תופסים את המקצוע באופן צר ולא פרופסיונלי.המהלכים הנעשים על מנת לקדם את הפרופסיונליזציה של מורים, נופלים בחלקם קרבן לקיצוץ תקציבי, כאשר במקביל ישנה עלייה של "כוח חדש": מוסדות חרדיים לא אקדמיים, אשר הכפילו את מספרם פי ארבעה בין תש"ן לתשס"א. המחברות מזהירות כי בעתיד, כאשר יחסרו מורים לבתי הספר הממלכתיים, יגויסו אליהם בעלי תעודת הוראה מן המגזר החרדי והערבי או יגויסו אנשים חסרי הכשרה להוראה. (דרורה כפיר ותמר אריאב)