לצד התרומה המשמעותית של קבוצות ווטסאפ להעמקת המעורבות ההורית ולהגברת ערוצי התקשורת בין הורים למורים, מתברר כי קיימים גם אתגרים מורכבים הנלווים לשימוש בהן. בין האתגרים הבולטים ניתן למנות מעורבות יתר של הורים בענייני בית הספר, פגיעה אפשרית בפרטיות המשתתפים וטשטוש גבולות הסמכות של המורה. החוקרים טוענים כי ניהול מושכל ומובנה של הקבוצות, הכולל הגדרה ברורה של כללים וגבולות שיח – הן ברמה מוסדית והן במסגרת הקבוצה המקומית – עשוי לסייע בהתמודדות עם אתגרים אלה. יישום עקרונות ניהול אלה מאפשר למצות את הפוטנציאל החינוכי של הפלטפורמה ולהעצים את יעילות הקשר שבין ההורים למורים.